肝内胆管结石很多或引起胆管炎症，出现腹痛、发烧、寒战等症状，需要考虑手术治疗。外科手术是治疗肝内胆管结石的主要手段，还有一些人如果不愿做手术，寄希望于口服中药排石，对一些简单结石可以尝试，但效果不确定，很多时候没用。手术治疗要根据结石部位、大小、数量，有没有梗阻、肝叶萎缩及发生癌变等情况，进行个体化手术设计。
胆石症治疗，包括肝内胆管结石治疗遵循四项原则，即取净结石、通畅引流、解除狭窄、去除病灶，进行处理，比如有石头首先要取净结石。形成结石原因主要是肝段胆汁排空障碍，出口狭窄就是胆管狭窄，要把狭窄解决掉使其变通畅，未来胆汁排空，复发机会少，解除狭窄后也就等于通畅引流。去除病灶是对于结石局限的肝段、肝叶已经萎缩或者是慢性炎症病灶，石头也取不干净。这时候会把肝叶或肝脏切除，达到根治目的。