双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊说明书上，并未标有明确的不良反应。双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊属于益生菌制剂，主要由长型双歧杆菌、嗜酸乳酸杆菌、粪链球菌等对人体有益的肠道固有菌群组成，对人体通常无害。此药可维护人体肠道正常细菌菌群平衡，抑制病原菌的生长，防止便秘、下痢和胃肠障碍等，同时在肠道内合成维生素、氨基酸和提高机体对钙离子的吸收，降低血液中胆固醇水平防治高血压，改善乳制品的耐乳糖性提高消化率，增强人体免疫机能，以及预防抗生素的副作用等好处。
但作为药物，双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊并不建议长期服用，通常患者服用7-14天症状即可缓解，而对于病情特殊的患者可遵医嘱服用。对于健康人群建议日常生活中，可以常喝含有益生菌的奶制品，以调理肠胃功能，同时需要注意的是双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊应在2-8℃冷藏保存，以免降低活菌活性继而使药物失效。