噬血细胞综合征分为原发性和继发性。原发性噬血细胞综合征在1952年首次报道，其病因尚不清楚。通过对患者谱系基因分析研究表明，可能是一种常染色体隐性遗传性疾病，相关基因定位在九号染色体或十号染色体。多见于婴幼儿，90%以上病例两岁以下发病，男女发病率相等。2/3的病例见于同胞兄弟姐妹，父母多为近亲结婚。1975年有第一例继发性嗜血细胞综合征报道，1979年报道了19例病毒相关的噬血细胞综合征。继发性噬血细胞综合征是某种原因启动免疫系统的活化机制，引起的反应性疾病。常见的病因如下：
1、病毒：如EB病毒、单纯性疱疹病毒、巨噬细胞病毒、线性病毒以 及乙肝病毒等；
2、细菌：如肠道革兰氏阴性菌、金葡菌、肺炎支原体结核菌、肺炎球菌等；
3、立克次氏体；
4、真菌：如白色念珠菌、新型隐球菌等；
5、原虫；
6、自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮；
7、药物：如苯妥英钠；
8、慢性肾衰竭肾移植后；
9、恶性肿瘤：包括血液系统或非血液系统恶性疾病；
10、饮酒过量。
继发性嗜血细胞综合征的发病原因众多，但比较常见的主要是并发恶性淋巴瘤和病毒感染两大类疾病。