胃镜是确诊胃癌最有效的方法，目前在临床工作中具有无可替代的地位。因为胃镜不仅可以直接观察胃壁，还可以取活检，甚至可以进行内镜下治疗。但胃镜毕竟是一门技术活，内镜医生的经验和操作技巧对于诊断同样重要。在做胃镜过程中，某些部位容易成为胃镜观察的死角，部分病变与正常胃黏膜区别较小，容易漏诊。胃镜发现病变后取活检，即夹一块可疑组织较为重要，因为即便是胃癌，也不是病变的每一处都富含癌细胞，因此一次胃镜多点取材较为重要。即便如此，依然有部分患者需要通过多次胃镜才能最终确诊。
对于高度怀疑胃癌的患者，目前还可进行窄带成像内镜、色素内镜、电子染色内镜、放大内镜、共聚焦激光显微内镜、超声内镜等特殊内镜，可以有效提高镜下诊断和活检准确性，担心胃镜难受的患者只要身体无禁忌症，如严重心脏病， 可以考虑进行浅麻醉下的无痛胃镜，即静脉注射麻醉剂，使胃镜检查过程全程无痛苦。