一旦发现胃肠道间质瘤，并不是马上要进行手术切除，医生会根据肿瘤的位置、病理特点来进行综合评估，以决定是否要手术切除。胃肠道间质瘤手术适应证包括以下几条：
1、胃肠道间质瘤在胃部的瘤体＜2cm，但是有超声内镜下危险因素，此时建议手术治疗；
2、＞2cm的胃肠道间质瘤，影像学判断后可以做到R0切除，即彻底切除，或者通过伊马替尼的辅助治疗后，可以做到R0切除；
3、食道、结直肠、小肠部位的胃肠道间质瘤，如果是局限性胃肠道间质瘤，应该进行手术切除；
4、可切除的晚期孤立性胃肠道间质瘤，如果出现转移病灶，也可以做手术；
5、不可切除的胃肠道间质瘤原发或转移复发的病灶，在伊马替尼辅助治疗达到最大反应之后，尽量做病灶的部分，或者全部切除来进行减瘤；
6、如果胃肠道间质瘤出现了急诊的情况，比如出血、穿孔、梗阻，则应积极进行手术治疗，以挽救生命。
胃肠道间质瘤常见的手术方式包括开放手术、腹腔镜手术、腹腔镜与内镜联合手术、机器人手术，医生会根据患者的肿瘤情况和自身条件来选择手术方式，进行个体化治疗，使患者达到最佳的疗效。