肾结核最常见的症状是顽固性膀胱炎，即反复性尿频、尿急、尿痛，在临床上称之为病变在肾脏，但临床表现在膀胱炎。在患者发生反复尿频、尿急、尿痛后，临床医生需考虑到是否可能存在肾结核，会给患者做结核菌培养以及结核菌素试验。如果呈现结核菌素皮试阳性，再结合做结核菌培养和PCR(结核杆菌基因检测)等方法，明确是结核菌阳性，基本可以肯定是肾结核的诊断。
由于肾结核主要是结核菌经血液途径进入肾脏，所以在肾脏表面会形成特征性的肾结核钙化，重症患者可能引发肾积水，有极少数病人可能因严重肾积水导致腰痛或发生肾功能不全。肾结核的主要症状还是顽固性膀胱炎，若发生上述症状，一定要提高警惕，明确是否有肾结核的可能。