良性脊索瘤是胚胎残余组织形成的一种侵袭性生长的肿瘤，虽然这类肿瘤在组织病理学上，表现为良性肿瘤的特征，但生物学的生长方式是一种侵袭性的生长方式。因此良性脊索瘤有时也称为低度、恶性、侵袭性的肿瘤。由于良性脊索瘤向周围组织侵袭性生长，所以预后仍然不乐观。目前的统计资料显示，大部分良性脊索瘤患者的平均寿命在5年左右，也有一些统计显示5年的生存率只有30％-40%。因此良性脊索瘤虽然病理学上属于良性，但预后仍然不乐观。
另外有资料显示，随着手术技术的进步，以及术后放疗方式的更新换代，还有适用性的靶向药物用于良性脊索瘤的治疗，患者的预期寿命在逐渐延长。较新的资料显示，良性脊索瘤患者的5年生存率可以达到60％-70%。由此可见，良性脊索瘤的患者，预期寿命未必只有5年。治疗反应性良好特别是通过手术全切肿瘤，术后辅以放疗等综合治疗，预期寿命有可能达到5年以上，甚至有部分患者可以达到10年以上。
但是另外有部分患者，由于病变呈侵袭性生长，会累及周围很多重要的结构，难以生存到5年，甚至预期寿命只有1-2年的时间。病变累及广泛，造成严重神经功能障碍和其它并发症的患者，预期寿命会明显缩短。