脑血栓因为所采取的手术方式不同，患者所面临的风险也有一定差异，常见如下：
1、溶栓和取栓手术：对于脑血栓形成时间比较短的患者，可以考虑通过介入溶栓或者取栓的方法进行治疗。在进行溶栓和取栓之后，由于恢复了局部脑组织的血液供应，有可能会发生一过性的灌注压突破，从而造成动脉供血区的脑出血。同时由于取栓的栓子也有可能脱落，从而造成供血动脉远端其他部位的多发梗塞，或者由于栓子脱落并且进入到其他血管，从而造成远隔部位的梗塞。所以对于溶栓和取栓的患者，主要面临出血和梗塞的风险；
2、去骨瓣减压手术：对于部分脑血栓已经形成，尤其是大脑中动脉血栓造成大面积脑梗死的患者，有时需要进行神经外科的开颅去骨瓣减压手术，有助于缓解患者的颅内压增高，并且挽救脑疝。但术后患者仍然有可能出现长时间的意识障碍，甚至难以完全恢复意识，还有可能出现术后癫痫，术区出血，以及中枢神经系统感染的风险。