羊水穿刺染色体异常胎儿，部分可以保留但部分不能保留，因为羊水穿刺要对46条即23对染色体中每一条染色体进行检测。明确疾病后，根据不同疾病判断胎儿是否可以保留，常见如下所示：
1、21-三体综合征：若患儿存在21-三体综合征，则不能保留胚胎，因患21-三体综合征患儿出生以后生活无法自理；
2、5号染色体异常：若5号染色体某一片段出现问题，出现猫叫综合征可能影响存活，因此不能保留；
3、部分染色体异常：如45xO即X染色体缺失一条，但胎儿发育正常，称特纳氏综合症，胎儿可以存活则可以保留；
4、性染色体异常：对于47XYY或47XXX，称超雌综合征、超雄体综合征，此种性染色体异常的胎儿多数可以存活。
因此，染色体异常需观察类型以及片段缺失、重复，是否为微缺失、微重复以及是否可能致病等，建议咨询遗传专家后决定胎儿保留与否。