对于慢性髓系白血病来说，异基因造血干细胞移植仍然是治愈慢粒唯一的治疗选择，在研发出酪氨酸激酶抑制剂即TKI之前，对于年轻患者，它是主要的治疗手段。目前由于已经证实酪氨酸激酶抑制剂对疾病有非常好的控制，以及良好的耐受性，所以目前很少患者使用异基因造血干细胞移植作为初始治疗。
对于大多数先前未经治疗的慢粒慢性期患者，伊马替尼、达沙替尼、尼洛替尼均是一个合理的初始治疗选择，对于选择哪种TKI最好，目前很难做出一般推荐。对于个体患者，药物选择应该考虑到长期结局、费用、药物毒副作用和患者共存疾病情况，而有针对性的选择。经过临床研究提示，目前应用伊马替尼等TKI药物10年长期生存率可以达到84%左右。