通常房间隔缺损开胸手术没有后遗症。如果采用正中开胸手术方式，会留下瘢痕，主要影响美观性，尤其对于瘢痕体质的患儿。若采取侧开胸手术方式，由于破坏胸壁肌肉，所以远期可能出现脊柱侧弯症状，但几率较低。
总体来讲，如果房间隔缺损手术成功，后遗症不是很多，但可能存在并发症，比如出现残余分流、补片撕脱，有的极少情况下可能因为这个情况再做手术。还有术后出血量多，二次开胸止血，以及心脏传导、房室传导阻滞等，也属于术后并发症的范畴。另外，可能由于有房间隔以及房壁的切口，导致术后 出现房扑、房颤情况，可以通过射频消融方式进行微创治疗，但通常较为少见。