诊断胃肠道间质瘤需要做一些检查项目，包括病理学检查、基因检测，当然还需要其他一些常规检查，具体如下：
一、病理学检查：最主要是要确诊胃肠道间质瘤，活检是取得病理检查组织的最可靠的方法，病理学检查的诊断可以准确描述肿瘤的状态，主要是评估核分裂象的状态，对于完整的治疗策略来讲是一个依据；
二、基因检测：基因检测的结果对于胃肠道间质瘤来讲非常重要。对于医生和患者来讲，选择一个恰当的治疗可起到决定性作用；
三、常规检查：包括体格检查、内镜检查、影像学检查，这些检查都是对于胃肠道间质瘤整体治疗过程中的影响 因素。
1、体格检查：包括常规的查体、有无贫血、皮肤白不白、有无压痛，包括有无便血的情况；
2、内镜检查；是非常重要的，包括胃镜、肠镜、超声内镜，主要的作用是判断肿瘤的位置、起源，甚至和周围脏器的关系，还包括可以取到活检标本，为病理和基因诊断提供依据；
3、影像学检查：包括CT、B超，甚至增强CT，还有核磁，这些检查的目标主要是来判断肿瘤到底发生在哪个部位、哪个器官、肿瘤的大小，还有生长方式，以及和周围器官的关系，包括和血管的关系、有无远处转移，都在胃肠道间质瘤的整体治疗上起到至关重要的作用。
当然如果怀疑肝脏上有问题，或者直肠有可能会有间质瘤，那么这时可能要进行核磁检测，更加有助于后续治疗的评估。