神经官能症的患者可以就诊于神经内科、心理科、精神科，神经官能症首诊科室是神经内科，在神经内科医师的诊治之下，可以进行很好的处理。如果牵扯到心理因素、精神障碍等，则应该在多科室的协作之下进行诊治。神经官能症的临床表现比较复杂，有失眠症状、心脏官能症、消化系统官能症等，患者的表现并不完全相同。
所以除了在神经内科、心理科、精神科进行诊治以外，有时还需要和消化科、心脏科等进行协作，从而排除器质性病变，如消化系统器质性病变、心血管器质性病变以后，根据功能变化表现，可以按照神经官能症进行对症处理。在多学科指导之下进行必要的检查，进行诊断和鉴别诊断，才能取得较好的疗效。