先天性巨结肠最常见的症状包括新生儿肠梗阻、顽固性便秘以及反复发作的小肠结肠炎，大多数先天性巨结肠患儿表现为新生儿期肠梗阻，包括胎便排出延迟、胆汁性呕吐及喂养困难。
先天性巨结肠新生儿在出生48小时内未排出墨绿色胎便的情况占50%，24小时内未排胎便占94%-98%。部分新生儿巨结肠的首发症状为回肠后或回盲部穿孔，腹部表示为全肠道肠管脏器及膈下游离气体。少数巨结肠患儿出生后胎便排出正常，婴儿期通过母乳喂养也可以维持较好的排便，但是在添加辅食后出现严重的顽固性便秘。
大多数巨结肠患儿发病初期每周排便少于2次，往往3天以上才排 便，而且排便异常费力，大便排出特别困难，排便持续时间明显延长。如果未加干扰，便秘症状可逐渐加重，大便排出时间更加延迟，有的患儿10天甚至半个月才排便一次。先天性巨结肠相关性小肠结肠炎最常见的症状包括腹胀、发热、腹泻，此外患儿可能合并呕吐、血便、嗜睡、稀便或便秘等非特异性临床表现。轻度巨结肠患儿可能仅有发热、轻度腹胀、腹泻等类似病毒性胃肠炎的症状，治疗不及时可能导致病情加重，甚至危及生命。