电子纤维支气管镜检查技术是比较成熟的技术，风险相对比较小，在做纤维支气管镜之前，医生也要评估风险，年龄太大、呼吸衰竭明显、心肺功能比较差通常不做。对于不明原因的咳嗽、气道肿物以及吸入异物咯血的患者，用纤维支气管镜检查，具有明确诊断意义。
检查中常见的问题首先是麻药过敏，其实麻药过敏在临床中是很少见的反应，所有使用麻药的人都有麻药过敏的风险。还有比较重要的是出血，通常在进行活检或透壁活检时可出现出血，在透壁活检时最常见的副作用是气胸。其实也不要害怕这种副作用，通常在做支气管镜检查之前，都做相关的止血准备，风险还是相对比较低。