咀嚼肌疼痛有相当一部分会自愈。咀嚼肌疼痛有很多原因，比如有硬物或者是受伤，或者是某种刺激以后引起不太严重的疼痛，经过缓解，经过一段时间以后会自愈。
颞颌关节紊乱综合征等疾病经过治疗，控制好颞颌关节病变，也可以达到临床上治疗得比较满意的效果。其他原因，如外伤、全身疾病等造成咀嚼肌疼痛，三叉神经病变等造成咀嚼肌疼痛，就要看其病因、病情的严重程度是否能够自愈，做出判断。
一般情况下比较严重的三叉神经病变造成的咀嚼肌疼痛，咀嚼肌本身的病变、颞颌关节病变以及全身性疾病等造成的咀嚼肌疼痛，要经过综合治疗。找到病因以后进行对因治疗，再加上对症的治疗、理疗，药物治疗、封闭等综合治疗以后，才能达到临床上比较满意的效果，不会自愈。
所以咀嚼肌能否自愈，看疾病的程度、原因以及治疗的方法是否得当，治疗效果是否理想，由这些复杂的因素来决定。轻症可以自愈，其他要经过复杂、综合的治疗，才能达到临床上比较满意的效果。