新生儿脑积水由于前囟张力较大，囟门没有完全闭合，可通过超声进行早期诊断，且超声有无创特点。对于脑积水幅度与脑积水脑室扩张程度而言，新生儿B超可进行辅助性诊断。从临床治疗角度而言，需要后期通过CT或核磁进行定性、定量评估。因CT、核磁中会对脑室扩张程度进行更精准判断，包括脑室周围戴帽征进行客观评价，有利于患儿后期进行综合性治疗。
此外，CT及核磁检查还可明确新生儿脑积水属于梗阻性或吸收性。若为吸收性脑积水，通常是由于颅内出血、脑炎等先天性疾病所造成，患儿需进行脑室腹腔分流。梗阻性脑积水需通过核磁导水管重建，才能看出是 否有导水管梗阻，通常需进行造瘘实现治疗目的。