孕妇有血栓时，才应用低分子肝素，如果没有血栓，孕妇使用低分子肝素，可能是治疗胎儿过小。如果胎儿过小，可以通过注射低分子肝素，可能使胎儿长大一些，这种情况比较少，大部分孕妇使用低分子肝素，是为了治疗血栓。一旦怀孕以后出现血栓，使用其他的药物，会造成胎儿的发育异常。
目前通过临床实践发现，使用低分子肝素治疗，不会影响胎儿的发育。一旦孕妇出现血栓，均使用低分子肝素治疗，消除血栓，防止血栓的蔓延，而且临床的效果比较好。临床上经常能见到此类情况，孕妇注射低分子肝素后，血栓基本被控制，但是胎儿出生 后非常健康，没有出现非常严重的后果。