包皮上长痣和其他皮肤长痣相似，只是色素沉着，如果包皮上的痣表面较光滑、较小，通常不需要特别处理。但是痣较大或者呈表面突起，对性生活有影响，建议考虑切除。如果切除范围在包皮环切范围时，可以同时进行包皮环切术，将痣切除。
因为如果痣较大，在同房过程中反复摩擦，可能导致病变。当怀疑是黑色素瘤时，更需要及时治疗。此外，包皮上的痣伴有肉芽状的衍生物时，应怀疑是否为性病，特别是冠状沟处的肉芽状衍生物，应怀疑是否为HPV感染，甚至包皮龟头炎，也会表现为红点或者瘙痒。总体而言，包皮上有痣为色素沉着时，不需要特别处理，但是痣增大较明显或者突起明显，进而影响夫妻生活，应考虑进行手术切除，尤其是并发HPV感染疱疹病毒时，需要针对治疗。