肝外胆管结石应该与肝内血管钙化灶、胆管内气体积气以及肝内海绵状血管瘤相鉴别，急性化脓性胆管炎反复发作导致肝组织纤维化，肝核素扫描可以出现放射性缺损区，需要与肿瘤引起的占位性放射性缺损相鉴别。存在黄疸、急性胆管炎表现，应该与病毒性肝炎与胆道肿瘤鉴别，鉴别方法如下：
1、实验室检查：血清胆红素升高、尿中胆红素升高、尿胆原降低或者消失、粪便中尿胆原降低，肝功能提示直接胆红素升高；
2、影像学检查：超声、CT、核磁共振可显示肝总管和胆总管结石。
肝外胆管结石鉴别诊断时影像学诊断的磁共振是一种无创检查，如核磁胰胆管成像 是一种较好的直观检测方式。