脊索瘤的患者的平均寿命大概为5-7年，但平均寿命会有波动范围。脊索瘤既可以发生在颅底，也可以发生在脊柱，如骶骨，且患者病变累及范围不同，部分患者能够进行肿瘤边界正常组织扩大的根治性切除，因此肿瘤复发率会明显降低，或复发时间间隔会明显延长，患者的预期寿命也能够得到显著改善。如果肿瘤没有实现全切，只能实现部分切除，即使手术后进行放疗和化疗，患者的预期寿命也不会特别长。每个人的预期寿命会有很大个体差异，病情严重的患者，可能1-2年就足以危及生命，而经过治疗的部分患者，对治疗敏感性较好，且手术可以实现根治性切除，患者有希望存活10年以上。
脊索瘤是来源于胚胎残余组织的一类缓慢侵袭性生长的肿瘤，虽然属于低度恶性肿瘤，但是侵袭性生长的本质，令其很难通过手术实现肿瘤全切，因此脊索瘤患者的预期寿命并不太理想。肿瘤在后续过程进行放疗后，仍然可以复发，并逐渐影响患者，造成神经功能障碍，以及其他功能障碍。