胃镜能够检查出幽门螺杆菌。但胃镜并不能直接看到幽门螺杆菌，因为它是一种很小的微生物，肉眼无法观察到，而是可以通过胃镜取活检后才可判断。通常可采取以下三种检测方法判断是否存在幽门螺杆菌感染：
1、快速尿素酶实验：其原理是利用幽门螺杆菌菌体内含有的尿素酶，能够将试剂中的尿素分解，从而将试剂盒内的颜色引起颜色反应。如果存在细菌感染，尿素酶实验就会呈阳性。
2、胃镜活检：进行细菌培养，培养结果呈阳性，说明有细菌感染，但检测阳性率并不是很高，且费时较长，很少应用于临床，一般作为科研应用；
3、将胃镜活检组织送到病理科进行特殊染色，诊断是否为 阳性。
虽然胃镜能够检查出幽门螺杆菌，但是胃镜检查是有创的检查，而且由于胃镜检查取材比较局限，有可能会出现假阴性，目前临床上主要通过碳13或碳14呼气试验检测是否存在幽门螺杆菌感染。这种检查方式无创、无痛苦、且快速准确，是目前应用最广泛的检查手段。