胰管结石目前主要通过手术治疗。根据病人的不同症状，以及结石在胰管内的位置，制定相应的手术治疗方式。一类是通过微创治疗，内镜介入加上体外冲击波碎石，将结石击碎以后，通过内镜、十二指肠镜把结石取出，同时放胰管支架，以充分保证胰液的引流，达到临床治疗效果。
对于不适于通过内镜以及微创治疗的病人，目前主要通过手术治疗。对于胰管结石的手术方式有很多种，主要的目的是解除胰管梗阻，尽量取出结石，保持胰腺的功能。如果胰管扩张得很厉害，尤其是胰头端的结石梗阻，造成胰管扩张，病人出现顽固性疼痛，以及影响胰腺的外分泌功能。这类 病人目前临床最常用的是做胰腺的胰管全程劈开，取出结石，将小肠提上来以后，作为一个胰肠吻合，解决胰腺梗阻的问题。
当然对于胰头部位，如果这类结石仅局限于在胰头，形成柱状结石或者是鹿角形结石难以取出。对于长期的这类结石存在，有可能造成慢性胰腺炎，甚至长期以后形成恶变。这类病人可能需要做外科比较大的手术，就是胰头切除术，整个胰头组织，将联通的结石一起去掉以后，重新做上消化道吻合。
另外，如果是病人结石局限在胰尾部，胰体部、胰管正常，没有结石，这类病人可以考虑做胰体尾的切除术，把结石及病变的胰尾切除，保留正常的胰腺组织，也可以达到很好的愈后效果。