根据不同医院的科室设置，甲状腺囊肿可以挂头颈外科、甲状腺外科、普外科、内分泌科、核医学科、超声介入科等。甲状腺虽然是一个小器官，但会出现很多病种，包括先天性甲状腺异常、甲状腺炎症、甲状腺肿、甲状腺良性肿瘤、甲状腺恶性肿瘤等。如果患者去就诊，刚开始可以根据自身情况、临近医院或者目标医院科室设置，选择一个科室先初步就诊，再化验甲状腺功能，做甲状腺B超之后有了初步结论，再根据具体疾病类型选择对口专科进一步治疗，常见如下：
1、甲亢或甲减时，可以去内分泌科治疗；
2、如果考虑肿瘤，需要进行手术，可以选择头颈外科、甲状腺外科、普通外科等；
3、如果患者想做超声微创治疗，可以选择超声介入科就诊；
4、如果为甲状腺癌，需要做碘-131治疗，建议到核医学科就诊；
5、有些患者病情较重，如局部侵犯广泛，而且反复多发，甚至合并多数基础疾病，一个科室难以处理，此时建议患者选择甲状腺联合专家门诊就诊。现在多数医院都开设这种科室，综合处理实力较强。