脑囊肿住院时间取决于患者的治疗方式以及恢复的情况。
通常患者的脑脓肿体积较大，需要通过神经外科手术进行脓肿穿刺抽吸之后，进行4-6周的有效抗炎药物治疗，如果患者脓肿对口服的抗炎药物敏感，在静脉输注抗炎药物2-3周病情稳定之后，也可以用较强的有效口服抗炎药物进行替代，此时住院时间可以缩短，但是通常严格的抗炎治疗4-6周，是大部分脓肿患者需要住院的时间。如果患者在严密观测下通过口服的抗炎药物进行控制，也是临床上采取的方法。
因此，脑脓肿患者的治疗周期比其他疾病会相应延长，即使进行手术治疗，并同时进行有效抗炎治疗，脑脓肿还是较容 易复发或者进展。如果患者没有严格住院和抗炎药物治疗，复发概率会更高，对患者将来的生活质量、生存期，都有可能会造成一定影响，所以应该积极治疗。