龟头炎患者的病原体不同，所以治疗不同。细菌感染引起的龟头炎，一般应用抗菌素软膏进行治疗，比如红霉素软膏，而真菌感染引起龟头炎，一般需要抗真菌药治疗，比如克霉唑软膏或者口服氟康唑、伊曲康唑等。另外，无论是细菌还是真菌，保持局部清洁和干燥是治疗关键，翻转包皮进行清洁，是非常快速有效的方法，清洁后保持自然干燥最好。
中药外洗方，用蛇床子、黄芩、金银花、苦参各30g，黄连、紫草、香附、鱼腥草各20g，大黄、川芎、甘草10g，加上冰片4g，煎水外洗患处，这个时候无论是细菌性龟头炎还是真菌性龟头炎，都会有效。临床上龟头炎细菌和真菌有时不太容易区分，而且有时候是混合感染，这时候就可以发挥中医药优势，中药无论是细菌还是真菌，皆可外洗。