肛门痛有多种原因，最常见的是排便的时候、排便后产生的疼痛。这部分主要最常见的疾病是肛裂、混合痔、肛瘘等疾病，会在特定的时间疼痛。
如果肛门并不是和排便有明显关系，但是整天都在疼，也有可能是排便后加重，但是持续性的疼痛往往可见于炎症性疾病，比如炎性外痔、混合痔嵌顿状态，或者肛周脓肿、肛瘘发炎状态，往往会造成一种持续性的疼痛。
如果是坠痛为主，最常见的有肛管炎、肛窦炎类疾病。还有一种是隐隐作痛，疼痛并不是很重，这种可以见前列腺疾病、直肠肛管肿瘤、瘢痕，即手术后瘢痕比较多产生的疼痛，有时候是隐隐作痛。所以产生肛门痛的原因很多，要及时到医院就诊，鉴别是哪种情况引起的疼痛。