良性胃肠道间质瘤是否需要手术切除，应该根据肿瘤的大小、病理特点、肿瘤位置等进行综合的评估来决定，无法一概而论。临床上根据肿瘤的大小、核分裂象计数，以及发生的部位，可以把原发可切除的间质瘤患者分为极低危、低危、中危和高危，一般极低危和低危相当于常说的良性胃肠道间质瘤。
对于胃部的胃肠道间质瘤(GIST)，即肿瘤的直径<2cm，应做超声胃镜来明确是否存在危险因素，危险性高的需要手术切除，危险性低的则不需要手术切除，但要规律的进行随访观察。对于>2cm的良性胃肠道间质瘤，要积极进行手术切除。如果合并有了不良因素，比如边 界不规则、溃疡、强回声和回声不均匀等，此时危险性较高，建议患者到有经验的医院进行腹腔镜或者内镜下切除。如果没有上述不良因素，可以定期随访观察，复查超声内镜，其时间间隔一般是6-12个月，此时通常不需要手术切除。对于内镜随访困难的患者，可以考虑开放手术切除。
另外，对于其他部位的胃肠道间质瘤，一经发现，还是要早期手术治疗，而对于>2cm的良性胃肠道间质瘤，则需要积极进行手术切除。