功能性胃肠病能不能治好，取决于评判的标准。功能性胃肠病与器质性胃肠病的区别在于是否存在器质性改变，胃溃疡患者通过正规服药可使疾病痊愈，而功能性胃肠病的检查指标均正常，所以应将判断标准设定为症状是否能够得到改善。功能性胃肠病患者通常可通过药物治疗改善症状，甚至部分患者在停药后也可以维持一段时间。
功能性胃肠病可能由多种原因引起，可能存在社会及精神因素，所以无法保证不会由于情绪波动导致功能性胃肠病症状复发。因此，对于功能性胃肠病的治疗，主要目的是改善症状、提高生活质量。对于症 状反复则无需过于紧张，并不会对身体造成实质性伤害。