很多神经系统疾病都会应用磁共振帮助进行诊断，包括感染、肿瘤、脑梗、脑出血，或者其它代谢中毒性，缺血缺氧性疾病。累及到中枢神经系统会应用磁共振，磁共振常见于T1序列、T2序列、FLAIR序列，以及DWI、ADC序列等，不同的序列看的东西可能不同，给出的信息也有所不同。
T2序列，包括FLAIR序列给出来的高信号，一般可以反映结合水的信号，尤其在T2上面。一般来讲T2上结合水和游离水都会呈现高信号，而FLAIR序列上面可以将游离水的信号进行抑制，因此只会呈现出结合水的信号。存在病灶就可能存在结合水，FLAIR信号上如果出现高信号，一般而言提示各种病 变引起神经功能损害，例如梗塞、腔梗或者感染、出血、肿瘤等代谢性疾病，都可以出现FLAIR上的高信号。T2与FLAIR的唯一区别就是在T2上，正常的脑阶信号也会呈现高信号。