儿童口腔疱疹在治疗上主要是对症处理，缓解症状。因为儿童口腔出现疱疹，最常见的原因是病毒感染引起的疱疹性咽峡炎，还有病毒感染引起的手足口病以及口腔溃疡。疱疹性咽峡炎、手足口病都是病毒感染所致，属于自愈性疾病，不论是否进行治疗，都需要一定的时间才能痊愈，没有特效抗病毒药能够缩短病程。
儿童刚开始出现疱疹的2天，因为疱疹没有破，并不疼，没有太多痛苦。但是2-3天后，疱疹破裂，进食时刺激破损溃疡面，出现疼痛。此时饮食上要注意给儿童吃软的、刺激性小的食物，比如糊状食物，不需要过多咀嚼，就能够吞咽，能够减轻痛苦。口味上要清淡，不要太咸、太酸，避免刺激破损的疱疹，温度可稍凉，对疱疹的刺激更小。还需要给儿童多喝水，冲刷疱疹表面，防止继发细菌感染。对于口腔溃疡与病毒感染引起疱疹，处理方法一致，均需尽量减轻对溃疡和疱疹的刺激，由于上述疾病属于自愈性疾病，所以家长无需过于紧张。