反流性食管炎的治疗，不要求长期吃药。反流性食管炎主要是治愈食管炎，也就是将食道黏膜的损伤修复。会引起食道黏膜损伤的，一个是胃酸的刺激，一个是胃内食物对食道黏膜的刺激，另外就是食管括约肌压力的松弛。
在反流性食道炎的用药方面，首先要用一些抑酸药抑制胃酸的过多分泌，减少酸对食道黏膜的刺激。对已形成的糜烂性的食道炎，要用黏膜的保护剂，对食道黏膜进行保护，防止酸和胃十二指肠的内容物对黏膜损伤。
除此之外，还要用一些动力的药物，加速食管和胃的排空功能，以减少它们对食道黏膜的损伤。常规治疗是用PPI加动力剂，一般治疗4-8周，反流性 食道炎的黏膜损伤就会完全愈合。
之后如果患者还有反流、烧心等胃食管反流的症状，可能就要像非糜烂性胃食管反流病一样，进行按需用药。