肛瘘疾病的治疗有多种手段，手术是目前能够根治、比较重要的手段，但有一定的复发率。减少肛瘘手术后的复发，重要在于精确的诊断，只有精确的诊断才可进行精确的治疗。在诊断层面，作为专科医生建议：
1、单纯低位的肛瘘，可找有经验的医生，进行疾病的体检，即可以初步判断它内口与外口以及瘘管整个形态；
2、对于复杂性的或者高位的肛瘘，建议做影像学检查，譬如做肛周的彩超或者盆腔的MRI，可更直观的观察整个肛瘘的形态以及支管的分支，影像学检查在诊断层面可做到精确的诊断，只有精确的诊断才会有精确的治疗；
3、对于精确的治疗，建议找有经验的医生去处理肛瘘，特别是复杂性 肛瘘，有经验的医生处理肛瘘后，其复发率相对低点，另外医生可掌握了超声的技术，术中可应用超声的技术来评估瘘管的形态，根据超声的显示，更精确的找到每条瘘管以及内口即感染的源头、各个支管，尽可能彻底的清除病灶、处理感染的源头来减少术后的复发。肛瘘的精确诊断以及精确治疗，能够减少病人复发率、获得较好的疗效。