小儿感染性心内膜炎总的治疗原则是积极的抗感染。因为它主要是细菌感染导致的，要进行积极的抗感染，加强支持疗法。在应用抗生素前，必须及时的做血培养和药敏试验，把血培养的结果阳性率提高，从而对选取抗生素的治疗以及剂量的提供，进行相关指导，具体如下：
1、抗生素治疗，不同病原菌的感染选用不同的抗生素，抗感染的时间应连续用4-8周，至体温正常、栓塞现象消失、血沉恢复正常、血培养阴性后可逐步停药；
2、一般治疗，包括护理，小孩发烧尽量减少口服退热药，进行物理降温、温水擦浴、贴退热贴等护理方面的治疗，保证患儿热量营养，患儿由于这方面发生感染性心内膜炎，患儿食欲减退，要静脉给予相关营养、相关热量，保证患儿机体需要，感染性心内膜炎可出现进行性贫血，要根据血红蛋白指数进行输血或者血浆，由于机体免疫功能差、小孩营养不好，侵入的细菌毒性太强，导致患儿出现感染性心内膜炎，也可输入人免疫球蛋白来提高患儿的抗感染能力和免疫功能；
3、手术治疗，手术治疗主要是对心脏赘生物的清除修复，或者置换损害的瓣膜，感染性心内膜炎的心脏瓣膜赘生物过多、过大，或者说心脏瓣膜由于感染、损害，不再发挥它的功能，这时需要进行手术治疗。手术治疗也是较直接、有效的方法，可通过赘生物的清除，把心脏瓣膜置换，让心脏功能尽快恢复，从而保证全身的供血，提高患者的治愈率。手术指征是心脏瓣膜功能不全引起的重度衰竭、赘生物阻塞这个瓣膜、反复发生栓塞，甚至有些真菌感染，经过抗生素治疗患儿仍然有反复的高烧效果不好，新发生的心脏传导阻滞，这时给患者进行手术治疗，比进行大剂量的抗生素治疗更加有效。