腹腔镜肝切除术有一些不同于开刀肝切除的步骤，但常规步骤差不多。首先要把所有肿瘤或者结石所在部位的肝脏游离出来，包括很多四周的韧带、胸腔粘连、腹腔粘连，然后要把肝门，包括肝动脉、肝静脉、胆管游离出来。
部分患者还要游离第二肝门，也就是上腔静脉，以及上腔静脉进入肝里头分出来肝的肝左静脉、肝中静脉、肝右静脉，都要游离出来。如果要做某一个部位肝肿瘤的切除，必须把血管游离出来。
只有先把血管结扎掉，相应部位的肝脏出血才会减少。所以要把进出带切除部位的血管游离、结扎、切断，再进行肝切除，切除后出血很多，还要缝合处理断面。切除后把残余的 胆管、血管缝扎好，防止出血。
如果胆管没缝扎好会出现胆漏，每天流出很多胆汁。血管没有处理好会出现大出血，所以肝的断面需要彻底止血，并在断面喷一些止血材料，最后在腹部做小切口，把切除的肝脏取出来。
腹腔镜虽然是一种微创的手术方式，但是有些肝脏比较大，所以要另外开口取出。尤其是恶性肿瘤，比如肝癌，肿瘤取出后，把所有切除的标本放在袋子里，通过腹部的小切口把肿瘤取出来。如果袋子破裂，切口处会出现残存的癌瘤。
在保持美观的情况下，在下腹部做切口，可达到美容效果。肿瘤取出以后，还要在肝脏的断面放引流管，从皮肤外面引出来，每天观察管道流出的情况。如果有胆汁流出或者出血，通过管道可以观察，几天后如果管道没有血液或胆汁流出，可以拔除引流管。