身材矮小的治疗要根据引起身材矮小的病因，如果与生长激素有关，比如生长激素缺乏，就要用生长激素替代来促进身高的增长；但如果是因为颅内肿瘤造成，首先要通过手术、化疗、放疗来治疗原发病；如果病人是甲状腺功能减退引起，就要用甲状腺激素来替代；
另外还有特殊情况，比如其他基础性疾病、消耗性疾病、营养不良，要积极治疗原发病，同时增加营养；有的是体质性、青春期发育延迟，可以不需要干预，进行观察。
在治疗当中，除关注身高，还要关注青春期的发育。所以青春期孩子如果不发育，排除其它性器官或者遗传性疾病，会运用促性腺激素来促进第二性征发育和性器官发育。