比较常见的一种先天性心脏病是法氏四联症，从先天性心脏病的角度来看，脑血栓的发生可能是由于血液浓缩或血流速度增加引起的。
出现血液浓缩的患者通常是紫绀型先心病患者，因为这些先心病患者需要更多的氧气供应，但是由于心脏解剖异常，无法提供足够的氧气。
为了增加氧气的携带能力，也就是氧合能力，血液会通过提高血红蛋白浓度来应对。如果血红蛋白不受限制地持续增高，实际上孩子的血液黏稠度会很高，当进行抽血时，会发现孩子的血液呈现深色，并且抽取起来非常困难。
有时候甚至需要对孩子进行输血治疗，这种高血液黏稠度，实际上更容易发生脑血栓等相关并发症，尤其是紫绀型先心病患者，特别是那些比较复杂的基础性先心病和先天性发作适应证的患者，发生脑血栓的概率更高一些。