青少年抑郁症的治疗，按照目前的医学模式，主要从生物、心理和社会三方面进行对症处理。主要给予患者抗抑郁药物，如SSRI类药物或SNRI类药物，但药物治疗一定要在专业医生的指导下进行，而且必须要足疗程的使用。
在心理治疗方面，目前主要以深度高效的心理干预和家庭治疗为主。对于青少年心理发育期的特殊状况，特别是对于早恋问题，要合理引导、系统化解决；对于学习障碍患者，需要培养高效的学习状态。
青少年抑郁症患者心理治疗的过程中，家庭关系的治疗亦应得到重视。医学上常有句话，青少年的病，往往病的是整个家庭。医生要从症状看到整个家庭关系 、父母婚姻情感状况，以及父母三观对患者的影响。因此治疗往往需要取得父母的共同配合，一起对患者的心理状况进行及时疏导和干预。
此外还可以配合物理治疗方法，比如脑电生物反馈，教给患者放松的技巧，也可以配合目前有循证医学证据的经颅磁刺激治疗等。