因为幽门螺杆菌感染是引起很多疾病的明确致病因素，故慢性萎缩性胃炎、胃溃疡、十二指肠球部溃疡、胃淋巴瘤等疾病的患者同时检测出幽门螺杆菌阳性，就需要进行根除治疗。
目前世界上幽门螺杆菌感染根除治疗有统一的专家共识，通常需要四种药物联合用药14天，绝大多数的病人可以通过这种治疗方法达到根除幽门螺杆菌的目的。主要包含如下四种药物，第一类是质子泵抑制剂，第二类是铋剂，第三类是选用两种抗生素。临床上用这个四联方案治疗根除幽门螺杆菌。但最好在医生的指导下选用药物，常用的四联药物包括阿莫西林、克拉霉素、胶体果胶铋或枸橼酸铋、奥美拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑 、埃索美拉唑等等。对阿莫西林过敏的患者，可以换成左氧氟沙星、呋喃唑酮等药物，但是呋喃唑酮类的药物副作用相对较多，临床上要慎重。上述四种药物联合使用14天为一个疗程，停药一个月后再做碳13呼气试验，判断幽门螺杆菌是否根除。