静脉窦血栓的治疗，主要针对基础病因、静脉血栓本身、对症治疗。对于感染性敏感患者，足量、足疗程的抗生素治疗。对于严重脱水的患者，水电解质保持平衡。对自身免疫性的疾病，需要用激素治疗。患有血液系统的疾病的患者给予相应的血液系统的治疗，血黏度比较高的患者进行扩容、降低血液的黏度。
抗血栓治疗主要包括抗凝，上述治疗要越早越好，运用肝素、华法林等。溶栓可以用阿替普酶、尿激酶。如上述的治疗无效，可以给患者进行介入治疗，介入治疗可以进行血管介入，静脉内导管机械性溶栓治疗和血管成形术。对症治疗主要包括降颅压、抗癫痫两大类。