对于儿童畸胎瘤通常建议患者做手术，因为畸胎瘤存在恶变的可能性。对于骶尾部的畸胎瘤，通常发生在出生时或5岁以内，一般如果患者患畸胎瘤，在1岁后便容易发生恶变，所以对于骶尾部的畸胎瘤需要积极进行手术处理。对于卵巢的畸胎瘤，通常通过B超能偶然发现卵巢上的占位，有时不能明确肿瘤具体分型，可以通过1-2个月的定期复查，观察肿瘤的变化，因为畸胎瘤有特异性特征，比如有毛发、钙化，包括通过做CT也可以发现典型的变化。
对于卵巢的畸胎瘤，如果患者不及时进行手术可能会慢慢长大，可能造成卵巢的扭转，出现腹痛、呕吐的表现。而卵巢的扭转会导致其出现缺血、坏死的改变，此时患者需要做附件和卵巢的切除。如果在发生卵巢扭转前做手术，且是偏良性肿瘤，可以做卵巢畸胎瘤的剥除术，以保留卵巢的正常功能。
同时需要注意的是，如果患者卵巢的病理是0级，分化程度比较好，手术后治疗便可结束。但如果通过手术取病理发现是分化程度比较差的Ⅲ级畸胎瘤，在手术切除后可能还有后续的治疗。因此对于不愿做手术的患者而言，如果突然出现腹痛的症状，要及时去医院就诊了解是否发生扭转，一般卵巢畸胎瘤长至4-5cm或5-6cm时，便容易发生扭转。