实际上，胃肠道间质瘤在临床工作当中，通常不以良恶性来评估，而是根据肿瘤发生的部位、大小，还有核分裂象以及肿瘤是否破裂这四个指标，进行四个维度的评估，主要是评估肿瘤复发的风险度，可以根据前四个指标把肿瘤分成极低危、低危、中危，还有高危4个等级。极低危或者低危的胃肠道间质瘤通常可以理解为良性。如果危险复发程度提高到中高危，可以理解为恶性。
具体而言，比较简单的一个方法，就是肿瘤的大小和部位有关系，比如通常肿瘤＞10cm的都属于高危患者，肿瘤在2-10cm属于中危或者低危，当然还需要结合肿瘤的核分裂象来判定，还有就是有无破裂， 包括肿瘤发生的位置来处理。对于中高危的胃肠道间质瘤，这部分患者实际上在手术之后还需要药物治疗，最主要的药物治疗就是靶向药物。
一般来讲，对于中高危的患者，其实要让患者口服靶向药物治疗大概1-5年。而对于极低危或者低危的患者来讲，复发风险相对来讲比较低，一般可以把它当做良性的胃肠道间质瘤来处理，术后不需要做相应的靶向药物治疗，只需要定期复查就可以。