房间隔缺损与卵圆孔未闭的区别是大概念和小概念的问题，从严格意义上来说，房间隔缺损包括卵圆孔未闭，卵圆孔未闭实际是房间隔缺损的一种亚型，房间隔缺损的概念更大。
房间隔缺损就是位于房间隔上的一个没有长全的缺损，可以是单发且单发多见，位置可以见于Ⅰ孔、原发孔，也可以见于Ⅱ孔，也就是中央型。卵圆孔实际上是位于房间隔中部的局部区域，它的概念实际上更小，有时卵圆孔未闭可以理解为是更小一点的房间隔缺损。
很多时候卵圆孔未闭就是卵圆孔没长全，像裂隙一样，所以容易沉积血栓，医学上叫做矛盾血栓，容易脱落出现脑梗。 尤其是有卵圆孔未闭、脑梗的成人，还是主张要积极进行治疗、介入干预。