膀胱镜检查不痛苦，从临床角度而言，无论性别，绝大多数患者均可耐受膀胱镜检查。女性尿道比较短、宽，对疼痛耐受较好，甚至不用表面应用局部麻醉药物也能够进行膀胱镜检查。
如果尿道存在急性炎症，无论男女均不可进行膀胱镜检查，此时疼痛感较强。如果排除急性炎症，可以适当增加麻药剂量，待麻药充分发挥作用以后再进行膀胱镜检查，一般没有太大的痛苦。
膀胱镜检查痛苦程度与医生操作有关，膀胱镜需要根据尿道解剖走行顺势进入，不能逆势而进。操作动作要轻柔、不能使用暴力，否则容易损伤尿道黏膜，造成出血甚至尿道穿孔、直肠穿孔。如果按照解剖结构顺势而进，多数病人都能耐受痛苦。