如果是在非麻醉状态下，两个检查都很难受，但可能喉镜会更加难受。因为咽部的敏感性非常高，无论是喉镜还是胃镜，都需要观察咽部，咽部受到刺激的时候会比较难受，主要就是恶心，但并不会引起疼痛。目前常说的无痛胃镜，实际上应该是无痛苦胃镜，因为胃镜检查的症状主要是恶心，并没有疼痛感。
但如果是在麻醉的状态下，胃镜与喉镜无特殊区别。因为在检查过程中，使用麻醉药物会处于睡眠状态，检查的时候并不会有难受感。
具体做喉镜还是胃镜，需要根据病情决定，如果是食管、胃或者十二指肠疾病，一般要做胃镜检查。如果是胃食管反流病，可能会存在咽部的不适感，使用胃镜观察喉部会比较困难。此外，由于胃镜较长，此时使用喉镜观察咽喉部会比较方便。如果是咽喉部的疾病，一般需要使用喉镜观察。