胃肠道间质瘤可以发生在消化道的任何部位，胃和小肠是最常见的原发部位，胃间质瘤占到约60%，小肠间质瘤约占30%，结直肠、食管，以及胃肠道外的间质瘤相对少见，部位包括网膜、肠系膜、腹膜后、胆囊、胰腺等。
胃间质瘤和小肠间质瘤相比在发现时大小比较小，而且核分裂象比较低，早期发现比较多，因此胃间质瘤通常有更好的总生存率。大多数胃肠道间质瘤复发都在腹腔内，先前的研究表明，在发现时大约50%的患者已经有转移，肝脏是最常见的转移的部位，其次是腹腔，但很少侵犯区域淋巴结或者腹腔外的器官。
胃间质瘤需要完善胃镜和超声内镜的检查， 了解肿瘤在胃的具体部位，以及胃壁层次的关系，小肠及结直肠间质瘤主要以腹部CT或者磁共振来明确。