无法进行直接比较。扑尔敏和氯雷他定均属于抗组胺类药物，扑尔敏属于第一代抗组胺药物，氯雷他定属于第二代抗组胺药物，均为H1受体阻滞剂，用于治疗过敏性皮肤病、过敏性呼吸道疾病等。由于扑尔敏为第一代抗组胺药，其抗过敏的疗效可能更强，但不良反应也更明显，例如嗜睡，并且疗效持续时间较短。氯雷他定属于二代抗组胺药物，其抗组胺药物疗效可能较弱，但药效持续时间较长，嗜睡的不良反应也相对较弱。
扑尔敏和氯雷他定在治疗过敏性疾病时，根据过敏性疾病类型不同，选择不同的抗组胺药。部分患者夜间瘙痒明显，可以口服扑尔敏，如果患者过敏的临床症状较轻，而且有特殊职业要求，可以选择氯雷他定。对于小儿抗过敏治疗，可以选择扑尔敏并按公斤体重给药。