肝母细胞瘤大概可以分4个危险度，包括极低危、低危、中危和高危，其中高危是相对比较晚期。在术前的PRETEXT分期中Ⅳ期的患者通常定义为高危，即肝脏的4个叶全部受累，全部长有肿瘤、原发灶、转移瘤，或肝门的整个血管全部受累。美国的肿瘤组织分组中，将肿瘤不能切除，且有远处转移包括肺转移、骨转移、脑转移等肝外的其它地方转移，定义为晚期或Ⅳ期。
此外若肿瘤侵犯了门静脉、下腔静脉、肝静脉等主要的肝脏血管，也定义为晚期。目前临床上将甲胎蛋白低于100ug/L的情况，也定义为相对预后不良的因素，但在新的临床试验中 认为甲胎蛋白低于100ug/L时，如果能完整切除肿瘤，也不一定要定义是晚期，所以未来的分期可能有些变化。