肝窦是组成肝小叶的一个重要组成部分，而肝小叶又是组成肝脏的基本单位，无数个肝小叶共同构成了肝脏本身。肝小叶内是以中央静脉为中心，周围有肝窦和肝板组成。肝窦主要位于相邻肝板之间，里面主要是血液系统，通过窦壁的内皮细胞与肝细胞进行血液物质交换，包括血液里面毒性物质的降解、代谢，以及肝细胞分泌的部分有用物质，通过血窦到达血液里。血窦里也含有部分吞噬细胞，能够有效吞噬血液里面的部分残余物质，包括细菌、感染性的物质等。
在电镜下面，窦壁的内皮细胞与肝细胞之间还存在一个窦间隙，其中有血浆存在，主要通过窦间隙进行血液与肝细胞 之间的物质交换，所以肝窦的作用非常大。如果肝窦里面出现了部分相关的异常病变，比如窦内阻塞等情况，有可能会引起肝硬化、门脉高压等一系列表现。