肝囊肿最常见的是没有临床表现，但是有些囊肿因为囊肿巨大，产生压迫症状，比如压迫到胃，压迫到邻近器官，产生消化不良症状，比如吃饭容易饱、腹部容易发胀等压迫症状。有些因为囊肿内突然出血，突然变的很大，会出现急腹症表现，以腹痛来就诊。还有些囊内液体发生感染之后，类似于肝脓肿的表现，会出现腹痛、发烧、寒战的表现。
病人出现炎症、出血、感染，做检查的时候，比如查血常规，白细胞会升高，可以达到10×10^9/L以上，肝功能也会出现胆红素升高。有些人甚至会出现黄疸，比如眼睛、皮肤发黄、小便发黄等肝功能损害。这些是肝囊肿比较严重的表现。虽然比较少见，但是都是危急情况，需要临床积极处理。